一、技術(shù)簡(jiǎn)介

CLIP(Cross-linking immunoprecipitation，交聯(lián)免疫共沉淀）通過(guò)結(jié)合UV交聯(lián)和免疫共沉淀的方法來(lái)分析蛋白與RNA相互作用的結(jié)合位點(diǎn)。

二、技術(shù)原理

CLIP技術(shù)利用紫外線照射使細(xì)胞內(nèi)的RNA與RNA結(jié)合蛋白（RBP）發(fā)生共價(jià)交聯(lián)，隨后通過(guò)免疫沉淀的方法富集與特定RBP結(jié)合的RNA片段，再經(jīng)過(guò)逆轉(zhuǎn)錄和高通量測(cè)序等步驟，獲取RBP在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點(diǎn)和結(jié)合序列信息。

三、應(yīng)用場(chǎng)景

1.蛋白質(zhì)-RNA相互作用研究：確定特定蛋白質(zhì)在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點(diǎn)和結(jié)合序列，揭示蛋白質(zhì)在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中的作用機(jī)制。

2.疾病相關(guān)研究：通過(guò)比較正常和疾病狀態(tài)下RBP的RNA結(jié)合情況，發(fā)現(xiàn)與疾病發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的RNA結(jié)合事件和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

3.藥物研發(fā)：為藥物研發(fā)提供新的靶點(diǎn)和作用機(jī)制，幫助開(kāi)發(fā)針對(duì)特定RNA結(jié)合蛋白或其調(diào)控的RNA分子的藥物。

4.生物信息學(xué)分析：通過(guò)對(duì)CLIP-seq數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析，預(yù)測(cè)RNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點(diǎn)和結(jié)合模式，構(gòu)建RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)等。

四、技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1.體內(nèi)原位檢測(cè)：能夠在活體細(xì)胞內(nèi)捕獲蛋白質(zhì)和RNA的相互作用，真實(shí)反映體內(nèi)的生理狀態(tài)。

2.較高特異性和嚴(yán)格的純化：通過(guò)特異性抗體或標(biāo)簽純化交聯(lián)復(fù)合物，可有效去除非特異性結(jié)合的RNA和蛋白質(zhì)，提高結(jié)果的可信度。

3.結(jié)合高通量測(cè)序：與高通量測(cè)序技術(shù)結(jié)合，可在全基因組范圍內(nèi)鑒定RBP的RNA結(jié)合位點(diǎn)和結(jié)合序列，獲取豐富的信息。

五、樣本類型

新鮮細(xì)胞（貼壁細(xì)胞/懸浮細(xì)胞），紫外交聯(lián)后細(xì)胞樣本。

六、樣本需求

細(xì)胞樣本：約1×10^7個(gè)（可以是1個(gè)10cm皿，或以懸浮細(xì)胞形式存儲(chǔ)于離心管中，或1個(gè)T75瓶）；

交聯(lián)細(xì)胞樣本：254 nm，150 mJ/cm2標(biāo)準(zhǔn)UV交聯(lián)處理細(xì)胞。

七、樣本準(zhǔn)備&運(yùn)輸

活細(xì)胞樣本：距離較近的可以將養(yǎng)在皿/T75瓶/離心管內(nèi)的新鮮細(xì)胞樣本常溫快遞（最遲次日達(dá)）運(yùn)輸，本市內(nèi)可閃送或親自遞送；

交聯(lián)后細(xì)胞樣本：-80℃凍存干冰運(yùn)輸。

八、需提供的試劑

檢測(cè)用ChIP級(jí)抗體。

九、實(shí)驗(yàn)周期

1-2周（不包含測(cè)序）

十、其他

后續(xù)檢測(cè)選擇RT PCR時(shí)，需提供后續(xù)檢測(cè)的位點(diǎn)。